Le petit-frère adoptif de Seto Kaiba, Noah est l'antagoniste de l'arc "Virtual World" dans la saison 3. Il possède un deck très puissant en utilisant notamment ses cartes et celles de son frère.
Preuve de son talent dans les duels de monstres, Noah a battu son frère et n'a perdu que face au Pharaon Atem.
Antagoniste principal de la quatrième saison, Dartz est un méchant iconique de Yu-Gi-Oh. Il a notamment en sa possession, l'un des monstres les plus puissants de tout l'anime.
Il va mettre à mal Yugi et Kaiba et ne sera vaincu que grâce à l'apparition des trois dieux Égyptiens.
Yami Bakura est l'esprit maléfique qui réside dans l'Anneau du Millénium porté par Bakura Ryou. Cet esprit malveillant est l'un des principaux antagonistes du manga.
Il va donner beaucoup de fil à retordre à Yugi et ses amis et va constamment chercher à s'emparer du Puzzle du Millénium.
Rafael est un duelliste particulier qui a également la capacité de voir l'âme des cartes. Il est l'un des personnages les plus forts de la série. Il a notamment réussi l'exploit de battre en duel Yugi et le Pharaon avant de perdre lors de la revanche.
Rafael est un personnage attachant et tiraillé dans le manga et même s'il est membre de l'organisation Doma, c'est un homme bon.
Personnage secondaire de Yu-Gi-Oh, Joey Wheeler est l'un des duellistes les plus doués de la série. Il sert de premier duel pour les antagonistes mais a toutefois presque battu Marik.
Il possède un deck très homogène et aime faire le spectacle et tenter des coups risqués pendant ses duels. C'est un personnage mythique de Yu-Gi-Oh.
Créateur du duel de monstres, Maximillion Pegasus est l'un des personnages les plus importants de la série.
Il est également en possession de l'Œil du Millénium. Il possède un deck unique, celui des Toons qui est très puissant.
Antagoniste principal de la saison 2, Marik Ishtar est probablement le plus grand méchant de Yu-Gi-Oh. C'est le principal détenteur de la Baguette du Millénium.
Lorsque Yami Marik prend le dessus sur lui, il devient alors un duelliste très puissant et dénué de tout sens moral. Il prend du plaisir à torturer ses victimes et maîtrise les cartes des dieux Égyptiens.
Rival de Yugi, Seto Kaiba est considéré comme l'un des meilleurs duellistes de tous les temps. Avec ses Dragons Blancs aux Yeux Bleus, il a l'un des decks les plus puissants du jeu qu'il continue de révolutionner avec la KaibaCorp.
Il prend part à de nombreux duels durant la série et sera souvent associé à Yugi pour battre les antagonistes du manga. D'apparence froide, il n'hésite pas à se sacrifier pour protéger ceux qu'il aime.
Présenté comme le roi des jeux, le meilleur duelliste au monde, Yami Yugi, également appelé Atem, est l'esprit du Pharaon qui réside dans le Puzzle du Millénium.
Il prend la place de Yugi Muto lorsque les duels sont trop compliqués. Pharaon de l'Egypte antique il y a plus de 5 000 ans, Atem est au centre de l'histoire de Yu-Gi-Oh.
Si la plupart du temps c'est le Pharaon Atem qui est la vedette lors des duels, au fur et à mesure de la série, Yugi va prendre plus d'assurance et gagner des combats par lui-même. À la fin du manga, il va livrer un ultime duel face à Atem, le meilleur duelliste au monde.
Dans un combat épique et très serré, Yugi va finalement remporter le match et devenir le vrai meilleur duelliste au monde sans l'aide du Pharaon. C'est la légende de Yu-Gi-Oh.
